อุทยานแห่งชาติคลองตรอน จังหวัดอุตรดิตถ์ มีพื้นที่ป่าที่สมบูรณ์ นอกจากจะเป็นคลองขนาดใหญ่ยังมีลำห้วยต่างๆ เกิดขึ้นยังมีจุดเด่นทางธรรมชาติที่สำคัญ และสวยงาม คือน้ำตกห้วยเนียม น้ำตกกกมอนแก้ว ถ้ำจัน ถ้ำเจดีย์ ถ้ำเสือดาว ถ้ำผาตั้ง เขาภูเมี่ยง และหน้าผาที่สวยงามเป็นที่รู้จักของประชาชนทั่วไป สะดวกสบาย ในการไปพักผ่อนหย่อนใจ มีเนื้อที่ประมาณ 324,240.80 ไร่ หรือ 518.80 ตารางกิโลเมตร

ความเป็นมา : ตามคำสั่งกรมป่าไม้ ที่ 1627/2532 ลงวันที่ 19 ตุลาคม 2532 ให้นายไพโรจน์ ดาราเพ็ญ เจ้าพนักงานป่าไม้ 5 กองอุทยานแห่งชาติ ไปทำการสำรวจหาข้อมูล บริเวณป่าสงวนแห่งชาติป่าคลองตรอนฝั่งซ้าย และฝั่งขวา ท้องที่อำเภอเมือง และอำเภอน้ำปาด จังหวัดอุตรดิตถ์ ผลการสำรวจตามหนังสือที่ กษ. 0713 (พช) / 36 ลงวันที่ 4 ธันวาคม 2533 ปรากฏว่า พื้นที่ดังกล่าวประกอบไปด้วย ป่าธรรมชาติที่สมบูรณ์ และน้ำตกที่สวยงามหลายแห่ง เช่น น้ำตกห้วยโปร่ง น้ำตกห้วยคอม และน้ำตกห้วยเนียม พร้อมทั้งยอดภูเขาคว่ำเรือ และภูเขาหงายเรือ และมีคลองที่ชื่อว่า “คลองตรอน” เป็นคลองซึ่งลำห้วยต่างๆ ไหลมารวมกันที่คลองนี้และไหลลงสู่แม่น้ำน่าน อีกทั้งยังเป็นป่าสงวนแห่งชาติ ซึ่งเป็นที่รู้จักของประชาชน และหน่วยงานใกล้เคียงโดยทั่วไป จึงขออนุมัติตั้งชื่ออุทยานแห่งชาติว่า “คลองตรอน”

ในคราวประชุมคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติครั้งที่ 4/2537 เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2537 มีมติเห็นชอบให้จัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ และได้เสนอร่างพระราชกฤษฎีกา เพื่อจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ และได้รับการประกาศจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ เมื่อวันที่ 4 ธันวาคม 2546 โดยอุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีพื้นที่ครอบคลุมป่าน้ำปาด ป่าปากห้วยฉลอง ป่าห้วยสีเสียด ป่าคลองตรอนฝั่งขวา และป่าคลองตรอนฝั่งซ้าย ในท้องที่ตำบลแสนตอ ตำบลน้ำไคร้ ตำบลน้ำไผ่ อำเภอน้ำปาด ตำบลถ้ำฉลอง อำเภอเมืองอุตรดิตถ์ ตำบลผาเลือด อำเภอท่าปลา และตำบลน้ำพี้ ตำบลผักขวง ตำบลบ่อทอง อำเภอทองแสงขัน จังหวัดอุตรดิตถ์ มีพื้นที่ป่าที่สมบูรณ์ นอกจากจะเป็นคลองขนาดใหญ่ยังมีลำห้วยต่างๆ เกิดขึ้นยังมีจุดเด่นทางธรรมชาติที่สำคัญ และสวยงาม คือน้ำตกห้วยเนียม น้ำตกกกมอนแก้ว ถ้ำจันทร์ ถ้ำเจดีย์ ถ้ำเสือดาว ถ้ำผาตั้ง เขาภูเมี่ยง และหน้าผาที่สวยงามเป็นที่รู้จักของประชาชนทั่วไป สะดวกสบายในการไปพักผ่อนหย่อนใจ อุทยานแห่งชาติคลองตรอน มีเนื้อที่ประมาณ 518.80 ตารางกิโลเมตร หรือประมาณ 324,240.80 ไร่ นับเป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 103

เป็นเทือกเขาสูงต่ำมีแนวเทือกเขาที่สำคัญคือ เขาภูเมี่ยง เขาคว่ำเรือ เขาหงายเรือ เขาสามเหลี่ยม เขาหยวก เขาถนน เขาแดด เขาไม้ผา เขาตักบอน เขาน้ำย้อย เขาผักขวง เขาจันทร์ ยอดเขาที่สูงที่สุดอยู่ด้านทิศตะวันออกคือ เขาภูเมี่ยง สูง 1,500 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง แหล่งกำเนิดห้วยที่สำคัญ ไหลจากแนวตะวันออก ไปสู่แนวตะวันตกและไหลสู่แม่น้ำน่าน ได้แก่ ห้วยคลองม้ามืด เป็นต้น

สภาพภูมิอากาศทั่วไปค่อนข้างร้อน อากาศร้อนในฤดูร้อน คือ เดือนมีนาคม ถึงเดือนเมษายน อากาศหนาวเย็นในฤดูหนาว คือเดือนตุลาคมถึงเดือนกุมภาพันธ์ จะมีฝนตกชุกปานกลางในฤดูฝน เป็นระยะสั้นๆ ฤดูร้อนค่อนข้างร้อนยาวนาน อุณหภูมิต่ำสุดที่ 13 องศาเซลเซียส อุณหภูมิสูงสุดที่ 43 องศาเซลเซียส

สภาพป่าไม้ทั่วไปเป็นป่าดิบแล้ง ดิบเขา สนเขา ป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ กระบก ตะเคียนหิน กระบาก ยอมหอม สมพง ยาง มะขามป้อม จำปีป่า สัก แดง ประดู่ ตะแบก ตระคร้อ ตีนนก สมอไทย เต็งรัง เหียง พลวง ติ้ว แต้ว รวมถึงก่อชนิดต่างๆ

สัตว์ป่าที่พบได้แก่ เลียงผา หมี เก้ง กระจง เสือลายเมฆ เสือปลา อีเห็น กระต่ายป่า หมูป่า ลิง ลิงลม พังพอน กระรอก กระแต เม่น รวมถึงสัตว์เลื้อยคลาน และนกชนิดต่างๆ

จากอำเภอเมืองอุตรดิตถ์ เดินทางตามทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 11 (พิษณุโลก-เด่นชัย) ระหว่างหลักกิโลเมตรที่ 107-108 (สามแยกบ้านป่าขนุน) แยกไปตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1047 ระหว่างหลักกิโลเมตรที่ 36-37 สามารถเที่ยวชมถ้ำจัน และเมื่อเดินทางต่อไปตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1047 อีกประมาณ 11 กิโลเมตร ถึงทางแยกเข้าที่ทำการอุทยานแห่งชาติคลองตรอน โดยเดินทางตามทางแยกเข้าไปอีก 3 กิโลเมตร ถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติ