กรมป่าไม้ ได้รับหนังสือจากสำนักงานป่าไม้จังหวัดตราด แจ้งว่า ในที่ประชุมคณะอนุกรรมการป้องกัน และปราบปรามการลักลอบทำลายทรัพยากรป่าไม้ ประจำอำเภอเขาสมิง ครั้งที่ 1/2538 เมื่อวันที่ 15 กันยายน 2538 มีมติเห็นสมควรกำหนดพื้นที่ป่าบริเวณป่าเขาชะอม เขาคลองปุก และเขามะปริง ในเขตป่าสงวนแห่งชาติป่าเขาสมิง (ป่าคลองใหญ่-เขาไฟไหม้) อันเป็นพื้นที่ป่าอนุรักษ์ อยู่ในท้องที่อำเภอเขาสมิงและอำเภอบ่อไร่ จังหวัดตราด เป็นวนอุทยานหรืออุทยานแห่งชาติ เนื่องจากสภาพป่ายังคงความอุดมสมบูรณ์และมีสัตว์ป่าอยู่ชุกชุม กรมป่าไม้จึงมีคำสั่งที่ 55/2540 ลงวันที่ 10 มกราคม 2540 ให้นายประยูร พงศ์พันธ์ เจ้าพนักงานป่าไม้ 5 ส่วนอุทยานแห่งชาติ ไปดำเนินการสำรวจพื้นที่ดังกล่าวและพื้นที่ใกล้เคียง จากการสำรวจข้อมูลเบื้องต้นมีความเห็นว่า พื้นที่บริเวณป่าเขาชะอม เขาคลองปุก เขามะปริง เขาแก้ว เขาตาบาด เขาตาโชติ และเขากำแพง สมควรจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ โดยใช้ชื่อว่า อุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว

กรมป่าไม้จึงได้มีคำสั่งที่ 1746/2540 ลงวันที่ 21 ตุลาคม 2540 ให้นายประยูร พงศ์พันธ์ เจ้าพนักงานป่าไม้ 5 ไปทำหน้าที่หัวหน้าควบคุมพื้นที่ที่จะประกาศเป็นอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว จังหวัดตราด และต่อมาคณะทำงานเพื่อพิจารณาก่อนนำเรื่องเสนอคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ มีความเห็นให้สำรวจพื้นที่บริเวณป่าบริเวณเขาปอใหม่ เขาบึงพะวาดำ เขาเอ็ด เขาคลองวังโพธิ์ เขาคลองปูน เพิ่มเติม และต่อมานายประยูร พงศ์พันธ์ หัวหน้าอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว ได้นำเสนอรายละเอียดการสำรวจข้อมูลเบื้องต้นพื้นที่ที่จะจัดตั้งอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว ซึ่งอยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติป่าเขาสมิง (ป่าคลองใหญ่-เขาไฟไหม้) เนื้อที่ประมาณ 123,700 ไร่ หรือ 197.92 ตารางกิโลเมตร ในท้องที่ตำบลหนองบอน ตำบลช้างทูน ตำบลบ่อพลอย ตำบลนนทรีย์ และตำบลด่านชุมพล อำเภอบ่อไร่ จังหวัดตราด เสนอที่ประชุมคณะอนุกรรมการป้องกันและปราบปรามการลักลอบทำลายทรัพยากรป่าไม้ประจำจังหวัดตราด ครั้งที่ 4/2543 เมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม 2543 ซึ่งที่ประชุมพิจารณาให้ความเห็นชอบในการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว และได้นำเรื่องเข้าสู่การพิจารณาของคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ ครั้งที่ 2/2543 เมื่อวันที่ 30 ตุลาคม 2543 ซึ่งที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้ดำเนินการจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติได้

ปัจจุบันคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติเห็นชอบในการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติแล้ว และอยู่ในขั้นตอนจัดทำ/ปรับปรุง/แก้ไข รายละเอียดเพื่อเสนอคณะรัฐมนตรีอนุมัติในหลักการให้จัดตั้งอุทยานแห่งชาติต่อไป

พื้นที่อุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้วส่วนใหญ่เป็นเทือกเขาสลับซับซ้อนไม่มากนักของเทือกเขาบรรทัด ประกอบด้วย เขาแก้ว เขาตาบาด เขาตาโชติ และเขากำแพง ส่วนยอดเขาเป็นแนวแบ่งเขตประเทศไทยกับประเทศกัมพูชา มีความสูงจากระดับน้ำทะเลตั้งแต่ 100-836 เมตร ยอดเขาที่สูงที่สุด คือ ยอดเขาบาด ซึ่งมีความสูงถึง 836 เมตรจากระดับน้ำทะเล สภาพภูมิประเทศเช่นนี้ก่อให้เกิดสายน้ำหลายสาย เช่น คลองลึก คลองแอ่งปุก คลองแก้ว คลองตาบาด คลองหินเพลิง คลองลือ คลองกะใจ คลองมะละกอ ฯลฯ สายน้ำแต่ละสายจะไหลลงสู่คลองสะตอแล้วออกสู่ทะเล

พื้นที่บริเวณแถบนี้ได้รับอิทธิพลมาจากลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ และลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ เป็นแบบมรสุมเขตร้อน ประกอบกับพื้นที่มีสภาพป่าที่อุดมสมบูรณ์ จึงทำให้ฝนตกชุกตลอดทั้งปี โดยแบ่งเป็นฤดูกาลได้ดังนี้ ฤดูร้อน เริ่มตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ – เมษายน ฤดูฝน เริ่มตั้งแต่เดือนพฤษภาคม–ตุลาคม ฤดูหนาว เริ่มตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน – มกราคม

สภาพสังคมพืชโดยทั่วไปของพื้นที่ เป็นสังคมพืชประเภทป่าดงดิบชื้นที่มีความชุ่มชื้นสูง ซึ่งเป็นป่าต้นน้ำลำธาร สภาพป่าจึงมีลักษณะเป็นป่าที่รกทึบ ประกอบไปด้วยพันธุ์ไม้นานาชนิด ตั้งแต่ไม้พื้นล่างที่มีขนาดเล็กจนถึงไม้ที่มีขนาดใหญ่ ที่มีความสูงตั้งแต่ 25-60 เมตร พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ยาง พนอง กระบาก ตะเคียน สำรอง ชุมแพรก ตาเสือ ตะแบก ฯลฯ ส่วนไม้พุ่มและพืชพื้นล่างที่พบเห็นมาก เช่น พืชตระกูลขิงข่า หวาย ระกำ หมากชนิดต่างๆ ไผ่ เต่าร้าง ชก ฯลฯ นอกจากนี้ยังพบ “เหลืองจันท์ ซึ่งเป็นกล้วยไม้ที่มีสวยงาม ค่อนข้างหายาก สามารถพบเห็นได้ทั่วไปบริเวณอุทยานแห่งชาติ

เนื่องจากพื้นที่เป็นป่าที่มีความอุดมสมบูรณ์มากตามธรรมชาติ จึงทำให้มีสัตว์ป่าอาศัยอยู่อย่างชุกชุม ซึ่งจะพบเห็นได้ตามแหล่งน้ำต่างๆ และในพื้นที่แห่งนี้จะพบทากอยู่เป็นจำนวนมาก ซึ่งแสดงให้รู้ว่ามีสัตว์ป่าเป็นจำนวนมาก จากการสำรวจเท่าที่พบและได้สอบถามจากราษฎร ในพื้นที่ที่สำคัญ ได้แก่ กวาง เสือ เก้ง หมูป่า หมี กระจง ชะนี ลิง ค่าง กระรอก ชะมด อีเห็น ไก่ฟ้าชนิดต่างๆ ไก่ป่า กางเขนดง นกขุนทอง เหยี่ยว ปรอด กระราง นกเงือก นกโพระดก งูชนิดต่างๆ กิ้งก่ายักษ์หรือลั้ง ตุ๊กแกป่าตะวันออก ตุ๊กแกบิน กิ้งก่าบิน ตะกวด เต่า กบภูเขา เขียด คางคก ปาด และปูหิน ฯลฯ นอกจากนี้บริเวณลำธารและคลองต่างๆ ยังพบ ปลาพลวงหิน ปลาแขยงหิน ปลาสร้อยขาว ปลาเขยา ปลากั้ง ปลาหมู ฯลฯ

การเดินทางเข้าสู่พื้นที่อุทยานแห่งชาติแห่งนี้ จากจังหวัดตราดตามทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 3 ไปทางอำเภอขลุง ประมาณ 17 กิโลเมตร ถึงอำเภอเขาสมิง เลี้ยวขวาตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 3159 ประมาณ27 กิโลเมตร เลี้ยวซ้ายตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 3157 ถึงกองร้อย ตชด. ที่ 116 และเลี้ยวขวาตามเส้นทางอีก ประมาณ 9 กิโลเมตร ถึงอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว