อุทยานแห่งชาติลุ่มน้ำคง (สาละวิน) มีพื้นที่ครอบคลุมท้องที่อำเภอสบเมย อำเภอแม่สะเรียง จังหวัดแม่ฮ่องสอน พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นเทือกเขาสูง สลับกับที่ราบริมฝั่งน้ำ ซึ่งปกคลุมไปด้วยป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง และมีสภาพป่าไม้ที่สมบูรณ์ธรรมชาติ ทิวทัศน์และลักษณะทางธรรมชาติที่สวยงามหลายแห่ง เช่น แม่น้ำสาละวิน มีเนื้อที่ประมาณ 450,950 ไร่ หรือ 721.52 ตารางกิโลเมตร

กรมป่าไม้ได้พิจารณาเห็นว่า พื้นที่ป่าบริเวณลำน้ำสาละวิน (ตั้งแต่ใต้ห้วยแม่สามแลบไปจังหวัดแม่ฮ่องสอน) ในเขตป่าสงวนแห่งชาติป่าสาละวินและป่าแม่ยวมฝั่งขวา ในท้องที่อำเภอแม่สะเรียม และอำเภอแม่ลาน้อย จังหวัดแม่ฮ่องสอน มีสภาพป่าที่สมบูรณ์และสวยงามเหมาะที่จะประกาศเป็นอุทยานแห่งชาติ ดังนั้นเพื่อให้ได้ทราบข้อมูลรายละเอียดเพิ่มเติมของ สภาพพื้นที่จึงให้ นายอัมพร ปานมงคล นักวิชาการป่าไม้ 4 ปฏิบัติงานประจำอุทยานแห่งชาติดอยสุเทพ-ปุย จังหวัดเชียงใหม่ ไปดำเนินการสำรวจเบื้องต้น ตามคำสั่งกรมป่าไม้ที่ 504/2532 ลงวันที่ 28 มีนาคม 2532 สำรวจพื้นที่ป่าบริเวณดังกล่าวและบริเวณใกล้เคียง พื้นที่ที่สำรวจและเห็นควรจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ เป็นป่าสงวนแห่งชาติป่าแม่ยวมฝั่งขวาและป่าสาละวิน ในท้องที่ตำบลแม่ลาหลวง ตำบลแม่ลาน้อย ตำบลท่าผาปุ้บ อำเภอแม่ลาน้อย ตำบลแม่คง ตำบลบ้านกวด ตำบลแม่ยวม ตำบลสบเมย อำเภอแม่สะเรียง จังหวัดแม่ฮ่องสอน เนื้อที่ประมาณ 1,013 ตารางกิโลเมตร หรือประมาณ 632,125 ไร่ เป็นอุทยานแห่งชาติ

กรมป่าไม้ได้มีคำสั่งที่ 1627/2532 ลงวันที่ 19 ตุลาคม 2532 ให้ นายมงคล ชัยดำรงเลิศ เจ้าหน้าที่บริหารงานป่าไม้ 7 หัวหน้าฝ่ายป้องกันรักษาป่า สำนักงานป่าไม้เขตแม่สะเรียง และ นายเจน ทาฟอง เจ้าพนักงานป่าไม้ 5 กองอุทยานแห่งชาติ ไปสำรวจเพิ่มเติมและมีความเห็นว่า สมควรกำหนดขอบเขตป่าสงวนแห่งชาติสาละวิน ซึ่งเป็นพื้นที่ป่าโครงการสาละวินตอนล่าง (มร.11) เดิม อยู่นอกเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่า ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ

มติที่ประชุมคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติครั้งที่ 1/2536 เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2536 ได้พิจารณาเห็นชอบในการประกาศจัดตั้งอุทยานแห่งชาติสาละวิน จังหวัดแม่ฮ่องสอน และได้มีพระราชกฤษฎีกากำหนดบริเวณที่ดินป่าแม่ยวมฝั่งขวา และป่าสาละวิน ในท้องที่ตำบลเสาหิน ตำบลบ้านกาด ตำบลแม่คง ตำบลแม่ยวม อำเภอแม่สะเรียง และตำบลแม่สามแลบ อำเภอสบเมย จังหวัดแม่ฮ่องสอน ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 111 ตอนที่ 50 ก ลงวันที่ 9 พฤศจิกายน 2537

ต่อมาเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2549 กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช ได้พิจารณาชื่ออุทยานแห่งชาติให้มีความเหมาะสม สอดคล้องกับจุดเด่น และศักยภาพที่สำคัญของพื้นที่ที่จัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ จึงเปลี่ยนชื่ออุทยานแห่งชาติสาละวิน เป็นอุทยานแห่งชาติลุ่มน้ำคง

พื้นที่อุทยานแห่งชาติลุ่มน้ำคง (สาละวิน) เป็นเทือกเขาสลับซับซ้อน แนวเขาวางตัวในทิศเหนือ-ใต้ เป็นส่วนหนึ่งของเทือกเขาถนนธงชัย มีความสูงจากระดับน้ำทะเลปานกลางตั้งแต่ 200-1,027 เมตร ซึ่งยอดเขาที่สูงที่สุดอยู่ทางทิศเหนือของพื้นที่ มีสภาพป่าที่อุดมสมบูรณ์ เป็นแหล่งต้นน้ำลำธารของแม่น้ำยวม แม่น้ำสาละวิน แม่น้ำกองคา แม่น้ำแม่แงะ และแม่น้ำหาร

ภูมิอากาศของอุทยานแห่งชาติลุ่มน้ำคง (สาละวิน) แบ่งออกเป็น 3 ฤดูกาล คือ ฤดูร้อน ระหว่างเดือนมีนาคม-พฤษภาคม ฤดูฝน ระหว่างเดือนมิถุนายน-ตุลาคม ฤดูหนาว ระหว่างเดือนพฤศจิกายน-กุมภาพันธ์

มีสภาพป่าที่อุดมของป่าเบญจพรรณ ป่าดิบแล้ง ป่าเต็งรัง พันธุ์ไม้สำคัญที่พบมี สัก แดง ประดู่ ชิงชัน มะค่าโมง ตะเคียนหนู ตะเคียนทอง เต็ง รัง เหียง พลวง ฯลฯ

สัตว์ป่าที่สำคัญมี เลียงผา กวางป่า เก้ง หมูป่า หมี หนูหริ่ง เสือปลา วัวแดง กระทิง เสือโคร่ง กระต่ายป่า กระรอก กระแต ชะนี อีเห็น และนกชนิดต่าง ๆ

เดินทางจากอำเภอแม่สะเรียงใช้เส้นทางตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1194 ระยะประมาณ 4 กิโลเมตร แล้วเข้าทางแยกขวามือไปตามทางอีก 4 กิโลเมตร จะถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติ หากต้องการเดินทางต่อ ไปที่หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ สว.4 (บ้านแม่สามแลบ) ต้องเดินทางโดยรถยนต์ (ถนนลาดยาง) อีกประมาณ 50 กิโลเมตร

จากบ้านแม่สามแลบ หากต้องการเดินทางต่อ ไปที่หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ สว.1 (บ้านท่าตาฝั่ง) สามารถเดินทางได้ทางเรือโดยสาร เรือออกจากท่าเรือบ้านสามแลบ ระหว่างเวลา 09.00-16.00 น. (ค่าโดยสาร 1,000 บาทต่อผู้โดยสาร 10 คน : ข้อมูลเดือนตุลาคม 2549) ระยะทางประมาณ 20 กิโลเมตร ใช้เวลาเดินทางประมาณ 40 นาที จะถึงหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ (บ้านท่าตาฝั่ง)

การเดินทางไปหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ สว.1 (บ้านท่าตาฝั่ง) สามารถเดินทางโดยรถยนต์ได้ เริ่มจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติ (ถนนลูกรัง : ข้อมูลเดือนตุลาคม 2549) ระยะทางประมาณ 37 กิโลเมตร ควรใช้รถยนต์ขับเคลื่อน 4 ล้อ ใช้เวลาในการเดินทางประมาณ 3-4 ชั่วโมง เส้นทางนี้เหมาะสำหรับนักท่องเที่ยวที่ชอบการผจญภัย