ประกอบด้วยพื้นที่ภาคพื้นดินบนชายฝั่ง ได้แก่ บริเวณเขาอ่าวน้ำเมา และป่าอ่าวนาง-หางนาค และหมู่เกาะต่างๆ ธรณีสัณฐานของพื้นที่เป็นเทือกเขามีความสูงชัน เรียงตัวยาวไปตามแนวทิศตะวันตกเฉียงเหนือ-ทิศตะวันออกเฉียงใต้ บริเวณชายฝั่งเป็นเขาสูงชัน ทางด้านตะวันตกมีความลาดชัน มากกว่าตะวันออก ธรณีสัณฐานของพื้นที่ชายฝั่งทะเล และหมู่เกาะต่างๆ ในทะเลอันดามัน ได้รับอิทธิพลจากแนวการเคลื่อนตัวของเปลือกโลก ที่เรียกว่า Indosenia Teotonic Movement และในบริเวณป่าชายเลนเขาหางนาค ริมฝั่งทะเลมีลำคลองเขากลม ได้รับน้ำจืด ที่ระบายมาจากบึงขนาดใหญ่ ที่เรียกว่า "หนองทะเล" ทำให้เกิดสภาพป่าชายเลน และที่ราบต่ำป่าเสม็ด บริเวณที่ทำการอุทยานแห่งชาติ ที่เรียกว่า "คลองแห้ง" (หาดนพรัตน์ธารา)

อุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาะพีพี ได้รับอิทธิพลลมมรสุมเขตร้อน ระหว่างเดือนพฤศจิกายน-เดือนตุลาคม มีลมมรสุมตะวันออกเฉียงใต้พัดผ่าน ลักษณะภูมิอากาศจึงแบ่งออกเป็น 2 ฤดู คือ ฤดูฝน จากต้นเดือนพฤษภาคม-เดือนธันวาคม และฤดูร้อนจากต้นเดือนมกราคม-เดือนเมษายน อุณหภูมิโดยทั่วไปอยู่ระหว่าง 17-37 องศาเซลเซียส ปริมาณน้ำฝนในรอบปีเฉลี่ยประมาณ 2,231 มิลลิเมตร ปริมาณน้ำฝนมากที่สุดในเดือนกรกฎาคม และน้อยที่สุดในเดือนกุมภาพันธ์

จากท่าอากาศยานกรุงเทพฯ มาลงที่สนามบินจังหวัดกระบี่ จะมีแท็กซี่หรือรถประจำทางให้บริการ แต่ต้องมาขึ้นรถที่หน้าสนามบิน โดยแท็กซี่จะส่งถึงที่ ส่วนราคาก็แล้วแต่จะตกลงราคากัน สำหรับรถประจำทางต้องมาลงที่ในเมืองก่อน จากนั้นจึงต่อรถประจำทางสายกระบี่ - อ่าวนาง ก็จะถึงที่ทำการและที่พักอุทยานแห่งชาติ ซึ่งอยู่บริเวณหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาะพีพี (ผ่านอ่าวนาง)

หาดนพรัตน์ธารา   เดิมชาวบ้านเรียกว่า "หาดคลองแห้ง" เพราะช่วงน้ำลง น้ำคลองที่ไหลมาจากภูเขาทางด้านเหนือ จะแห้งขอด กลายเป็นหาดทรายขาวเหยียดทอดลงไปในทะเล บรรจบกับเกาะเขาปากคลอง บริเวณหาดเป็นทรายละเอียดปะปนด้วยเปลือกหอยเล็กๆ ประดับด้วยทิวสนเรียงราย ตามชายหาดทะเล มองออกไปในพื้นน้ำมีทิวทัศน์ของเกาะแก่ง ช่วงน้ำลงจนแห้งสามารถเดินไปยังเกาะเล็กๆ บริเวณหน้าชายหาดได้ เหมาะสมสำหรับการพักผ่อนหย่อนใจได้เป็นอย่างดี นอกจากนี้หาดนพรัตน์ธารา ยังเป็นแหล่งที่อยู่อาศัย ของหอยชักตีน ที่ใหญ่ที่สุดแห่งหนึ่ง อยู่ห่างจากจังหวัดกระบี่ เพียง 17 กิโลเมตร เท่านั้น

หมู่เกาะปอดะ   อยู่ทางทิศใต้ของอ่าวพระนาง ห่างจากชายฝั่งประมาณ 8 กิโลเมตร ทำให้ได้รับอิทธิพลจากลมมรสุมไม่มากนัก เมื่อมองจากชายฝั่งจะเห็นทรายขาวได้แต่ไกล บริเวณรอบๆ เกาะจะมีแนวปะการังหลากหลายชนิด น้ำทะเลใสสะอาด ทำให้บริเวณนี้เป็นแหล่งดำน้ำตื้นที่น่าสนใจ ที่สามารถแวะมาเที่ยวชมเกือบตลอดปี โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเกิดปรากฎการณ์ในช่วงน้ำลงบริเวณเกาะทับ เกาะหม้อ และเกาะไก่ จะเชื่อมต่อกันโดยแนวทราย ทำให้เกิดทัศนยภาพที่สวยงาม ดูแปลกตา เรียกว่า “ทะเลแหวก” ซึ่งขณะนี้เป็นแหล่งท่องเที่ยวที่กำลังได้รับความนิยม จากทั้งชาวไทยและชาวต่างประเทศ

เกาะไม้ไผ่   ตั้งอยู่ทางตอนเหนือของเกาะพีพีดอน ไม่ไกลจากเกาะยูงเท่าใดนัก ด้านทิศเหนือและ ทิศตะวันออก มีหาดทรายสวยงามและแนวปะการัง ซึ่งส่วนมากเป็นแนวปะการังเขากวางทอดยาวไปถึงทางทิศใต้ของตัวเกาะ

เกาะยูง   ตั้งอยู่ทางตอนเหนือของเกาะพีพีดอน มีชายหาดซึ่งเป็นหาดหินอยู่ทางด้านทิศตะวันออก และมีหาดทรายเล็กน้อยตามหลืบเขา นอกจากนี้ยังมีแนวปะการังสวยงามชนิดต่างๆ ที่ยังคงอยู่ในสภาพสมบูรณ์

เกาะพีพีเล   มีพื้นที่เพียง 6.6 ตารางกิโลเมตร เป็นเกาะเขาหินปูน มีหน้าผาสูงชัน ตั้งฉากกับพื้นผิวทะเลโดยรอบเกือบทั้งเกาะ มีพื้นน้ำลึกเฉลี่ยประมาณ 20 เมตร เกาะแห่งนี้มีเวิ้งอ่าวสวยงาม อาทิ อ่าวปิเละ อ่าวมาหยา และอ่าวโละซะมะ

เกาะพีพีดอน   มีพื้นที่ประมาณ 28 ตารางกิโลเมตร ทางเหนือของเกาะคือ แหลมตง เป็นที่ตั้งของหมู่บ้านชาวเล ประมาณ 15-20 ครอบครัว ส่วนใหญ่อพยพมาจากเกาะลิเป๊ะ จังหวัดสตูล บริเวณแหลมตงนี้ธรรมชาติใต้ทะเลสวยงามมาก เหมาะแก่การดำน้ำเช่นเดียวกันกับที่บริเวณปลายแหลมหัวระเกด หาดยาว และหินแพ นอกจากนี้ยังมีเวิ้งอ่าวคู่ที่มีความสวยงาม ติดอันดับโลกของอ่าวต้นไทร และอ่าวโละดาลัม ซึ่งเป็นที่ตั้งของสถานที่พักจำนวนมาก บริการแก่นักท่องเที่ยวทั่วไป

เส้นทางศึกษาธรรมชาติเขาหงอนนาค   เขาหงอนนาค เป็นพื้นที่ส่วนหนึ่งของอุทยานแห่งชาติ มีลักษณะพื้นที่เป็นภูเขา ที่อุดมสมบูรณ์ไปด้วยทรัพยากรป่าไม้และสัตว์ป่า มีความหลากหลายทางชีวภาพสูง ทางอุทยานฯ ได้จัดทำเส้นทางศึกษาธรรมชาติ ระยะทางประมาณ 3,700 เมตร ซึ่งมีปลายทางเป็นจุดชมทิวทัศน์ที่สวยงาม คือ “จุดชมทิวทัศน์หงอนนาค” บริเวณนี้สามารถมองเห็นทัศนียภาพได้กว้างไกล เหมาะสมสำหรับผู้ที่รักธรรมชาติอย่างแท้จริง

ถ้ำไวกิ้ง   อยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะพีพีเล ซึ่งเมื่อปี พ.ศ.2515 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เสด็จประพาสถ้ำแห่งนี้ และทรงพระราชทานนามใหม่ว่า ถ้ำพญานาค ตามรูปร่างหินก้อนหนึ่งที่คล้ายเศียรพญานาค อันเป็นที่เคารพสักการะของชาวบ้านที่เก็บรังนกนางแอ่นบนเกาะแห่งนี้ ภายในถ้ำทางทิศตะวันออกและทิศใต้ พบภาพเขียนสีสมัยประวัติศาสตร์ เป็นรูปช้าง และรูปเรือชนิดต่างๆ