เนื่องจากพื้นที่อุทยานแห่งชาติไทรโยคส่วนใหญ่มีสภาพเป็นภูเขา และตั้งอยู่ที่ระดับความสูงแตกต่างกันตั้งแต่ 100 เมตร ไปจนถึง 1,327 เมตร จากระดับน้ำทะเลปานกลาง ส่งผลให้สังคมพืชแตกต่างกันตามระดับความสูง สามารถแบ่งออกได้เป็น 3 ประเภท ได้แก่ ป่าเบญจพรรณ ป่าเต็งรัง และป่าดิบแล้ง

ป่าเบญจพรรณ เป็นสังคมพืชที่มีเนื้อที่มากที่สุดในอุทยานแห่งชาติ คือร้อยละ 84.47 พบขึ้นกระจายทั่วไปในพื้นที่ที่มีความสูงจากระดับน้ำทะเลปานกลางระหว่าง 150-600 เมตร พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ขานาง ขี้อ้าย แดง ตะแบกเลือด เขลง แคหางค่าง งิ้วป่า ตะคร้อ ประดู่ กระพี้เขาควาย กาสามปีก กรวยป่า ขะเจ๊าะ กระพี้จั่น เก็ดแดง ฯลฯ พื้นป่าประกอบด้วยกล้าไม้ของไม้ชั้นบนและพันธุ์พืชชนิดอื่น เช่น กะตังใบ กระชายป่า กวาวเครือ หนามขี้แรด บุก เปราะป่า ผักปราบ และเอื้องหมายนา เป็นต้น เป็นแหล่งที่อยู่อาศัย หากิน และหลบภัยของสัตว์ชนิดต่างๆ เช่น นกขมิ้นน้อยธรรมดา นกปรอดคอลาย นกแซงแซว นกกางเขนดง นกจับแมลงจุกดำ นกจับแมลงสีฟ้า ค้างคาวคุณกิตติ กิ้งก่าบิน ตะกวด จิ้งจกดินลายจุด งูกะปะ และเต่าเหลือง เป็นต้น

ป่าเต็งรัง เป็นสังคมพืชที่พบขึ้นกระจัดกระจายทางด้านทิศใต้ของพื้นที่อุทยานแห่งชาติ ที่ระดับความสูงจากน้ำทะเลปานกลาง 80-400 เมตร มีเนื้อที่ร้อยละ 2.52 พันธุ์ไม้ที่สำคัญ ได้แก่ เต็ง รัง พลวง เหียง รักใหญ่ มะกอกเกลื้อน งิ้วป่า รกฟ้า หาด เปล้าหลวง พื้นป่าประกอบด้วยกล้าไม้ของไม้ชั้นบนและพันธุ์พืชชนิดอื่นๆ เช่น มะม่วงหัวแมงวัน เสี้ยวป่า เคด ผักหวาน ไผ่หางช้าง ไผ่ไร่ กระดูกอึ่ง ลูกใต้ใบ เป็นต้น

ป่าดิบแล้ง พบในบริเวณที่ค่อนข้างชุ่มชื้นทางทิศเหนือของอุทยานแห่งชาติโดยเฉพาะในเขตอำเภอทองผาภูมิ และทิศตะวันตกติดชายแดนพม่า ความสูงจากระดับน้ำทะเลปานกลาง 450-600 เมตร มีพื้นที่ประมาณร้อยละ 2.95 พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ กระบก ยางนา ยางแดง หว้า กระบาก ตะแบกแดง มะส้าน ทะโล้ ก่อ ยางโอน ชมพู่ป่า เหมือด ฯลฯ พื้นป่าประกอบด้วยกล้าไม้ของไม้ชั้นบนและพันธุ์พืชชนิดอื่น เช่น กลอย กล้วยไม้ดิน กกสามเหลี่ยม เครือมัน ถั่วแปบ สาบเสือ เสี้ยว และพืชในสกุลขิง เป็นต้น เป็นแหล่งที่อยู่อาศัย หากิน และหลบภัยของสัตว์ชนิดต่างๆ เช่น ลิงลม ลิงกัง ค่างแว่นถิ่นเหนือ ชะนีมือขาว พญากระรอกดำ นกเงือกกรามช้าง นกกาฮัง กิ้งก่าบิน

บริเวณพื้นล่างของป่าดิบแล้งเป็นที่หลบพักของสัตว์ที่หากินตามพื้นผิวดิน เช่น ช้างป่า สมเสร็จ กระทิง หมีควาย กวางป่า สัตว์ปีกที่คุ้ยเขี่ยหากินตามพื้นป่าได้แก่ นกกระทาดงแข้งเขียว นกแว่นสีเทา ชนิดสัตว์เลื้อยคลานที่พบได้แก่ เต่าหก งูเหลือม และงูจงอาง ในบริเวณที่เป็นยอดเขา หน้าผาสูงชัน และถ้ำหินปูน เป็นที่อาศัยและหากินของสัตว์บางชนิด ได้แก่ ค่างแว่นถิ่นเหนือ ลิงเสน เลียงผา ค้างคาวหน้ายักษ์เล็กสองสี ค้างคาวมงกุฎ ค้างคาวปีกถุงใหญ่ ค้างคาวปีกถุงต่อมคาง ค้างคาวคุณกิตติ นกเอี้ยงถ้ำ เหยี่ยวนกเขาพันธุ์ญี่ปุ่น เหยี่ยวนกเขาชิครา นกนางแอ่นตะโพกแดง นกพิราบ งูเขียวร่อน บริเวณพื้นที่ติดชายน้ำ หาดทราย และแหล่งน้ำต่างๆ เป็นแหล่งที่อยู่อาศัย ผสมพันธุ์วางไข่ของสัตว์หลายชนิด เช่น เก้ง กวางป่า หมูป่า ลิงเสน นากเล็กเล็บสั้น นากใหญ่ ชะมด อีเห็น กระรอกท้องแดง นกยางเขียว นกยูงไทย นกเขาใหญ่ นกกระปูดใหญ่ นกเอี้ยงสาริกา เต่าดำ เขียดจะนา เขียดหลังเขียว เขียดหนอง กบห้วยสีข้างดำ กบทูด คางคกเล็ก คางคกหัวเรียบ จงโคร่ง ปาดนิ้วแยกขาลาย อึ่งอี๊ดขาเหลือง อึ่งอี๊ดหลังลาย และอึ่งอ่าง

ในบริเวณแม่น้ำแควน้อยและลำห้วยแยกสาขาต่างๆ จะพบปลาตะโกก ปลากระสูบ ปลาบ้า ปลาแมว ปลากราย ปลาปากใต้ ปลากดเหลือง ปลาแรด และปลาตะกรับ เป็นต้น สำหรับบริเวณพื้นที่ใกล้ชุมชนและพื้นที่เกษตรกรรมจะพบแมวดาว กระแตธรรมดา กระจ้อน เหยี่ยวขาว เหยี่ยวนกเขา นกตะขาบทุ่ง นกแซงแซวหางปลา นกพิราบ นกเขาใหญ่ นกกระปูดใหญ่ นกกระปูดเล็ก นกปรอดก้นแดง นกเอี้ยงสาริกา นกกิ้งโครงคอดำ อีกา นกกะติ๊ด นกกระจอก ตุ๊กแกบ้าน กิ้งก่าหัวแดง แย้ คางคก เขียดหนอง กบนา เป็นต้น

อุทยานแห่งชาติไทรโยค มีสัตว์ที่น่าสนใจอีกชนิดหนึ่ง คือ ค้างคาวคุณกิตติ ซึ่งมีชื่อทางวิทยาศาสตร์ว่า Craseonycteris thonglongyai ชื่อสามัญ Kitti’s hog-nosed Bat เป็นเกียรติแก่ผู้ค้นพบคือ คุณกิตติ ทองลงยา ค้นพบเมื่อปี 2516 ที่ถ้ำค้างคาวและถ้ำวังพระ นับเป็นค้างคาววงศ์ใหม่ มีเพียงชนิดเดียวในโลก และเป็นค้างคาวที่เล็กที่สุดในประเทศ เท่าที่สำรวจพบ นอกจากนี้ยังเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมที่เล็กที่สุดในโลกอีกด้วย มีน้ำหนัก 1.5-2.0 กรัม ลำตัวยาว 2.5-3.0 เซ็นติเมตร มีสีน้ำตาล กางปีกออกจะกว้างประมาณ 10 เซ็นติเมตร หูค่อนข้างใหญ่จมูกคล้ายจมูกหมู อาศัยอยู่ตามถ้ำโดยทั่วไปจะอพยพย้ายถิ่นทันทีหากถูกรบกวนโดยมนุษย์ ปัจจุบันมีสถานภาพใกล้สูญพันธุ์

น้ำตกไทรโยค   เป็นน้ำตกที่ไหลลงสู่แม่น้ำแควน้อย แยกเป็น 2 แพร่ง ส่วนที่อยู่ทางตอนเหนือเรียกว่า น้ำตกไทรโยคใหญ่ เป็นน้ำตกขนาดใหญ่ชั้นเดียว รองรับด้วยชั้นหินสลับกันเป็นชั้นๆ มีความสูงประมาณ 8 เมตร ทางด้านใต้เป็นน้ำตกที่มีความสูงมากกว่าเรียกว่า น้ำตกไทรโยคเล็ก สายน้ำที่พุ่งตกลงมากระเซ็นสู่ลำแควน้อย สามารถชมทัศนียภาพของน้ำตกไทรโยคได้โดยการเดินข้ามสะพานแขวนไปยังฝั่งตรงข้ามหรือโดยทางน้ำ ในฤดูหนาวจะสัมผัสบรรยากาศของความหนาวเย็นแห่งสายน้ำและขุนเขา ผ่านน้ำตกมีเสน่ห์ชวนให้หลงไหลยิ่งขึ้น

น้ำตกไทรโยคน้อย   น้ำตกไทรโยคน้อย หรือเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า น้ำตกเขาพัง เป็นน้ำตกที่มีชื่อเสียงมาช้านาน เหตุที่ได้ชื่อว่าน้ำตกเขาพัง เพราะเกิดบนหน้าผาหินปูนที่พังทลายลงมา จนเกิดโขดหินปูนลดหลั่นกันอยู่ตรงบริเวณเชิงเขา ต้นกำเนิดเป็นน้ำผุดจากภูเขาแล้วไหลมาตามลำธารเล็กๆ ไหลตกลงที่ผาหินปูนที่มีความสูง ประมาณ 15 เมตร แผ่กระจายไปตามพื้นเขาลาดเอียง ภายใต้ร่มเงาของพันธุ์ไม้นานาชนิด ในลำธารมีต้นกกขึ้นอยู่กระจัดกระจาย นับเป็นบรรยากาศที่ชวนให้ไปสัมผัสอีกแห่งหนึ่ง

การเดินทางสะดวกมากเพราะอยู่ติดกับถนนสายกาญจนบุรี-ทองผาภูมิ ระยะทางประมาณ 56 กิโลเมตร จากจังหวัดกาญจนบุรี หรือทางรถไฟ เริ่มต้นจากสถานีธนบุรีไปสิ้นสุดที่สถานีน้ำตก ตำบลท่าเสา ห่างจากตัวน้ำตก ประมาณ 1 กิโลเมตร ช่วงเวลาที่เหมาะสมในการเที่ยวน้ำตก คือ ฤดูฝนซึ่งเป็นช่วงที่น้ำในน้ำตกมีมาก ประมาณเดือนกรกฎาคม - กันยายน

แม่น้ำแควน้อย   มีต้นกำเนิดจากผืนป่าดงดิบทางตะวันตกตามแนวชายแดนไทย-พม่า แล้วไหลไปรวมกับแม่น้ำแควใหญ่เป็นแม่น้ำแม่กลองที่ตัวเมืองกาญจนบุรี ริมสองฝั่งแม่น้ำแควน้อยในพื้นที่อุทยานแห่งชาติไทรโยคมีธรรมชาติที่งดงาม มีโขดเขาเกาะแก่งที่โดดเด่นเป็นเอกลักษณ์ ร่องน้ำที่ลัดเลาะไปตามซอกเขาหินปูน ความแตกต่างของพื้นที่เลาะเกาะแก่งเป็นเหตุให้แม่น้ำสายนี้ไหลเชี่ยวและวกวน บางตอนจะเป็นหาดทรายยื่นออกมาในลำน้ำ เป็นที่ชื่นชอบของผู้นิยมล่องแพโดยทั่วไป

ถ้ำดาวดึงส์   อยู่ทางตอนเหนือของอุทยานแห่งชาติบริเวณหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ทย.2 (ถ้ำดาวดึงส์) เป็นถ้ำที่มีชื่อเสียงและงดงามมากที่สุดแห่งหนึ่งของประเทศ ค้นพบโดย นายสำลี คูหา ซึ่งตามสัตว์เข้าไปในถ้ำ ในปี พ.ศ. 2515 ถ้ำลึกประมาณ 300-400 เมตร แบ่งเป็นห้องๆ ได้ 8 ห้อง มีชื่อตามลักษณะของหินงอกหินย้อย โดยทั่วไปมีสีขาว เช่น ห้องโคมระย้า ห้องเจดีย์ ห้องจีบม่านฟ้า เป็นต้น

ถ้ำละว้า   อยู่ห่างจากน้ำตกไทรโยคไปทางตอนใต้โดยทางน้ำ ประมาณ 20 กิโลเมตร ถึงท่าเรือซึ่งจะมีถนนไปยังหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ทย.3 (ถ้ำละว้า) ซึ่งตั้งอยู่บริเวณเชิงบันไดทางขึ้นถ้ำ หรืออาจเดินทางโดยทางรถยนต์ไปตามทางหลวงหมายเลข 323 ช่วงกิโลเมตรที่ 59 - 60 ถ้ำละว้ามีปากถ้ำแคบ แต่ภายในกว้างใหญ่โตมาก ถ้ำลึกประมาณ 450 เมตร แบ่งเป็นห้องต่างๆ เช่น ห้องท้องพระโรง ห้องดนตรี และห้องม่าน แต่ละห้องมีหินงอก หินย้อย สวยงามแตกต่างกันไป นอกจากนี้ภายในถ้ำยังปรากฏหลักฐาน เช่น ฟันมนุษย์ ซึ่งทำให้สันนิษฐานได้ว่า แต่เดิมน่าจะเคยมีมนุษย์โบราณอาศัยอยู่

ถ้ำแก้ว   อยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติ 500 เมตร เป็นถ้ำขนาดเล็ก ยาวประมาณ 200 เมตร มีหินงอกหินย้อยงดงามพอสมควร ปากทางเข้าเป็นหลืบหืนที่แคบมากต้องสอดตัวเข้าไปตามซอกหินเป็นระยะทางประมาณ 12 เมตร จึงพบห้องโถงแรก ภายในถ้ำมีห้องโถง 2-3 ห้อง และห้องหนึ่งมีบ่อน้ำผุดปรากฏอยู่

เส้นทางศึกษาธรรมชาติ   อุทยานแห่งชาติไทรโยค ได้จัดทำเส้นทางเดินเท้าศึกษาธรรมชาติ ไว้สำหรับผู้ที่สนใจจะศึกษา หรือสัมผัสในความหลากหลายของธรรมชาติ 4 เส้นทาง คือ เส้นทางสายธรรมชาติ-ประวัติศาสตร์ เส้นทางสายเขาหินย้อย เส้นทางสายถ้ำดาวดึงส์ และเส้นทางสายถ้ำละว้า

เส้นทางเดินป่าระยะไกลเต่าดำ   เป็นทางเก่าที่เคยมีครั้งสัมปทานทำเหมืองแร่และสัมปทานป่า จึงเดินได้ค่อนข้างสะดวกสบายและร่มรื่น เริ่มเดินจากหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ทย.6 (เต่าดำ) ซึ่งอยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติไปตามทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 323 (กาญจนบุรี—ทองผาภูมิ) เลยน้ำตกไทรโยคน้อย 1 กิโลเมตร แยกขวาข้ามสะพานปากแซงถึงบ้านวังกระแจะ แยกซ้ายผ่านบ้านแก่งสารวัต แยกขวาผ่านบ้านเขาเขียว ผ่านทางแยกบ้านต้นมะม่วง ผ่านบ้านทุ่งมะเซอย่ออีกประมาณ 30 กิโลเมตร ถึงหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ เส้นทางผ่านลำธารและน้ำตกที่สวยงามหลายแห่ง จากนั้นก็เดินขึ้นสู่ยอดเขาเราะแระ ชมคลื่นของขุนเขาที่สลับซับซ้อน ทะเลหมอกในยามเช้า สามารถไป-กลับในวันเดียว หรือพักค้างแรมก็ได้ ระยะทางจากหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติถึงยอดเขาเราะแระ ประมาณ 9 กิโลเมตร ช่วงเวลาที่เหมาะสมสำหรับการเดินทางคือ ตั้งแต่เดือนพฤศจิกายนถึงเดือนพฤษภาคม

เส้นทางล่องแก่งลำห้วยแม่น้ำน้อย   จากเขารวก-สองแคว เริ่มจากหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ทย.8 (เขารวก) ซึ่งอยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติไปตามทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 323 (กาญจนบุรี—ทองผาภูมิ) ประมาณ 20 กิโลเมตร แยกซ้ายตรงบ้านลิ่นถิ่น ผ่านบ้านกุยแหย่ ประมาณ 22 กิโลเมตร ถึงหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ระยะเวลาในการล่องอาจจะวันเดียวหรือสองวันก็ได้ โดยใช้แพยางหรือเรือแคนู ระยะทางในการล่องประมาณ 20 กิโลเมตร ลำห้วยแม่น้ำน้อยจะไหลลัดเลาะมาตามหุบเขาและช่องเขา ธรรมชาติโดยทั่วไปร่มรื่นเนื่องจากความอุดมสมบูรณ์ของป่า บางแห่งจะมีหาดทรายยื่นออกมาสวยงาม บางแห่งจะเป็นแก่งสั้นบ้างยาวบ้าง ทำให้เกิดคลื่นเป็นระลอกสวยงาม สิ้นสุดการล่องแก่งที่หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ทย.5 (แม่น้ำน้อย) ช่วงเวลาที่เหมาะกับการล่องแก่ง ตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน-กุมภาพันธ์

ห้องสุขาชาย    มีห้องสุขาชายให้บริการ

ห้องสุขาหญิง    มีห้องสุขาหญิงให้บริการ

ที่พักแรม/บ้านพัก    มีบ้านพักให้บริการแก่นักท่องเที่ยว

สถานที่กางเต็นท์/เต็นท์    อุทยานแห่งชาติจัดเตรียมเต็นท์และสถานที่กางเต็นท์ ไว้ให้บริการนักท่องเที่ยว การสำรองที่พักเต็นท์ สามารถติดต่อสอบถามรายละเอียด และสำรองที่พักเต็นท์ได้กับอุทยานแห่งชาติโดยตรง

ที่จอดรถ    มีที่จอดรถให้บริการแก่นักท่องเที่ยว

บริการอาหาร    สำหรับอาหารเครื่องดื่มมีจำหน่ายตลอดเวลาที่บริเวณน้ำตกไทรโยค

ศูนย์บริการนักท่องเที่ยว    มีศูนย์บริการนักท่องเที่ยว ให้บริการข้อมูลเกี่ยวกับอุทยานแห่งชาติ นักท่องเที่ยวสามารถเข้ามาขอรับบริการข้อมูลได้ทุกวัน ไม่เว้นวันหยุดราชการ ระหว่างเวลา 8.00 - 16.30 น.