ชนิดป่าและพันธุ์ไม้ป่าในเขตอุทยานแห่งชาติแม่โถ ประกอบด้วย ป่าดิบชื้น พบทางด้านทิศเหนือของพื้นที่ในเขตอำเภอแม่แจ่ม พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ตะเคียนทอง ยาง จำปีป่า ยมหอม มะม่วงป่า เติม ตะคร้ำ ตีนเป็ด พืชพื้นล่างประกอบด้วย ตะคร้าน หมากเต้า พลูดิน เครือต่วย และกระชายป่า ป่าดิบเขา พบในระดับความสูงจากน้ำทะเล 800-1,400 เมตร พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ ก่อแพะ ก่อเดือย ก่อตาหมู รักใหญ่ จำปาป่า พืชพื้นล่างประกอบด้วย หญ้าคมบาง ถั่วแระป่า ค้างคาวดิน สาบหมา เป็นต้น ป่าเบญจพรรณ พบโดยทั่วไปสลับกับป่าดิบเขา พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ สัก แดง ประดู่ ตะแบก เสลา ตะเคียนหนู ยาง พืชพื้นล่างประกอบด้วยพวกไม้ไผ่และหญ้า ป่าสนเขาและป่าเต็งรัง พบโดยทั่วไปส่วนใหญ่จะอยู่ในพื้นที่อำเภอฮอด จะเห็นป่าสนเขาขึ้นปะปนกับป่าเต็งรัง พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ สนสามใบ ก่อ เหมือด รักใหญ่ เต็ง รัง เหียง พลวง พืชพื้นล่างประกอบด้วย หญ้าเพ็ก ไผ่โจด และหญ้าอื่นๆ

พันธุ์สัตว์ป่าที่สำคัญ ได้แก่ สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ประกอบด้วย กระทิง กวางป่า เลียงผา เก้ง หมีควาย ชะนี ลิง ค่าง อีเห็น กระต่ายป่า หมูป่า และช้างป่า ซึ่งมักจะอพยพหากินไปยังเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าอมก๋อยสลับกับดงสามหมื่นและป่าแม่ปาย นก ประกอบด้วย นกยูง ไก่ฟ้าชนิดต่างๆ ไก่ป่า นกแก้ว นกขุนทอง นกขุนแผน เหยี่ยว นกหัวขวาน ฯลฯ สัตว์เลื้อยคลาน ประกอบด้วยงูเหลือม งูหลาม งูเห่า ตะกวด แย้ เต่า ตะพาบน้ำ ฯลฯ สัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก ประกอบด้วย กบชนิดต่างๆ เขียด อึ่งอ่าง ฯลฯ ปลา ยังไม่มีการสำรวจ จะมีปลาอยู่ตามลำห้วยและแม่น้ำต่าง ๆ โดยเฉพาะน้ำแม่แจ่มมีปลามากมายหลายชนิด

จุดชมทิวทัศน์ดอยแม่โถ   อยู่บริเวณที่ทำการอุทยานแห่งชาติ สามารถมองเห็นทัศนียภาพของเทือกเขาและผืนป่าได้กว้างไกล ช่วงฤดูหนาวจะมีทะเลหมอกยามเช้าปกคลุมอย่างสวยงาม ณ จุดชมวิวแห่งนี้เคยเป็นที่ประทับของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งเสด็จแม่โถประมาณ พ.ศ. 2523 เส้นทางในการเดินทาง ตามทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 108 จากฮอดไปแม่สะเรียง ถึง กม.ที่ 54 บ้านกองลอย แยกขวามือไปตามทางหลวงจังหวัดหมายเลข 1270 ถึงบ้านเลาลี ระยะทาง 16 กิโลเมตร แยกขวามือเข้าไปอีก 500 เมตร ก็จะถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติแม่โถ

น้ำตกแม่แอบ   ใช้เส้นทางเดียวกับเส้นทางไปจุดชมทิวทัศน์ อยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติแม่โถ ไปจนถึงบ้านแม่แอบ ระยะทางประมาณ 6 กิโลเมตร มีเส้นทางแยกจากบ้านแม่แอบไปอีกประมาณ 3 กิโลเมตร ถึงจุดจอดรถ เดินเท้าอีกประมาณ 1 กิโลเมตร จะมีน้ำตกที่มีความกว้างประมาณ 10-12 เมตร

น้ำตกแม่ลิด   ตามเส้นทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 108 (ฮอด-แม่สะเรียง) ไปจนถึงหลักกิโลเมตรที่ 63 แยกซ้ายไปตามเส้นทางเข้าหมู่บ้านทุ่งหลวง ระยะทางประมาณ 12 กิโลเมตร ถึงบ้านทุ่งหลวงแล้วเดินเท้าจากหมู่บ้าน ไปอีกประมาณ 500 เมตร จะมีน้ำตกที่มีความกว้างประมาณ 8-10 เมตร มีความสูงประมาณ 12-15 เมตร เป็นน้ำตกที่มีความสวยงามมาก

ล่องแก่งลำน้ำแม่แจ่ม   จากเส้นทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 108 (ฮอด-แม่สะเรียง) แยกเข้าทางหลวงจังหวัด หมายเลข 1088 เส้นทางไปอำเภอแม่แจ่มถึงบ้านนาบางดิน เดินทางต่อไปจนถึงหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ มถ.2 (สลักหิน) ระยะทางประมาณ 6 กิโลเมตร ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นการล่องแก่งไปตามลำน้ำแม่แจ่ม แล้วไปขึ้นฝั่งที่บ้านกองแป ตำบลท่าผา อำเภอแม่แจ่ม จังหวัดเชียงใหม่

กิจกรรมท่องเที่ยว เส้นทางสายบ้านแม่ปิงน้อย-สบแม่ตูม-สบห้วยกองแป   เดินทางโดยรถยนต์ขับเคลื่อน 4 ล้อ ไปตามเส้นทางสายบ้านแม่ปิงน้อย-บ้านอมแรด แวะเที่ยวชม น้ำตกห้วยแม่เจือ แล้วเดินทางโดยรถยนต์ไปจนถึงบ้านอมแรด โดยให้รถยนต์กลับไปรอที่ทำการอุทยานแห่งชาติ และพักค้างแรมที่ริมแม่น้ำตูม จากนั้นเดินทางไปชม ถ้ำหลวงแม่ตูม ภายในมีหินงอกหินย้อยรูปทรง คล้ายเสาหินในวิหารโบราณ รอบ ๆ เสาหินจะมีหินงอกมองดูคล้ายเทวรูปมีลักษณะแปลกประหลาดสวยงามมาก มีค้างคาวอาศัยอยู่ภายในถ้ำเป็นจำนวนมาก จากนั้นเดินทางล่องตามลำน้ำแม่ตูมเที่ยวชมธรรมชาติของสภาพป่าเบญจพรรณที่ขึ้นสลับกับสภาพป่าเต็งรัง บริเวณของสองฝั่งแม่น้ำตูมมีลักษณะคล้ายต้นกระบอกเพชรขึ้นอยู่ทั่วไป ในลำน้ำแม่ตูมจะมีแก่งเล็กตลอดลำน้ำไปจนถึงสบห้วยแม่ตูม ซึ่งเป็นจุดที่ลำน้ำแม่ตูมไหลมาบรรจบกับลำน้ำแม่แจ่ม ต่อจากนั้นเดินทางล่องตามลำน้ำแม่แจ่มเพื่อเที่ยวชมสภาพป่าเบญจพรรณที่สมบูรณ์

เส้นทางสายบ้านแม่ขาน-สบแม่ตูม-สบห้วยกองแป   เส้นทางนี้เหมาะสำหรับการท่องเที่ยวในลักษณะการล่องแพพิชิตแก่งต่างๆ ในลำน้ำแม่แจ่ม โดยเริ่มต้นล่องแพจากจุดตรวจสอบแม่ขาน หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ มถ.2 (หน่วยสลักหิน) ผ่านแก่งสบขาน แก่งคอม้า แก่งท่าเรือ แก่งคด แก่งหลวง แก่งออบ หาดเชียงดา วังควายเผือก หมู่บ้านสบลองชมความงามของธรรมชาติของหน้าผา และสภาพป่าสองฝั่งลำน้ำแม่แจ่ม ผ่านสบแม่ตูมจนสิ้นสุดการเดินทางท่องเที่ยวโดยการล่องแพ รวมเป็นระยะทางประมาณ 25 กิโลเมตร ใช้ระยะเวลาประมาณ 11-12 ชั่วโมง

กิจกรรมการบริการและการเตรียมการ
ผู้ที่สนใจสามารถติดต่อขอเช่าแพยางได้จากสวนป่าแม่แจ่ม อุทยานแห่งชาติออบหลวง และของเอกชน แต่การล่องแพในเส้นทางนี้จะต้องได้รับอนุญาตจากอุทยานแห่งชาติแม่โถก่อน