พืชพรรณ : สภาพป่าในพื้นที่อุทยานแห่งชาติแม่ฝาง สามารถจำแนกโดยอาศัยปัจจัยทางสภาพภูมิประเทศ สภาพภูมิอากาศ และชนิดพืชพรรณที่ขึ้นอยู่ ได้ 5 ประเภท คือ ป่าเต็งรัง ป่าเบญจพรรณ ป่าดิบแล้ง ป่าสนเขา และป่าดิบเขา ส่วนชนิดพืชพรรณเด่น พืชหายาก และไม้เฉพาะถิ่นที่สามารถพบได้ในพื้นที่ เช่น มณฑาดอย ลำดวนดอย นางพญาเสือโคร่ง ซึ่งเป็นไม้ยืนต้น ส่วนไม้พุ่มและไม้ล้มลุก เช่น พิมพ์ใจ บัวทอง หนาดขาว เทียนคำ เทียนดอย หรีดเขา ไม้เถาเลื้อย เช่น นมตำเรีย สะบ้าลิง พาลี และหนามไข่ปู ส่วนพืชเกาะอาศัย เช่น ว่านไก่แดง บีโกเนีย และกล้วยไม้ชนิดต่างๆไม่ต่ำกว่า 70 ชนิด พืชกาฝาก เช่น ดอกดินแดง ขนุนดิน เป็นต้น

สัตว์ป่า : เนื่องจากเป็นพื้นที่ที่สภาพป่ายังคงความอุดมสมบูรณ์สูง จึงสามารถพบเห็นสัตว์ป่าได้หลากหลาย ชนิด โดยเฉพาะ “นก” ซึ่งพบกว่า 307 ชนิด ทั้งนกประจำถิ่นหายาก เช่น นกติ๊ดหัวแดง นกขัติยา นกกระรางอกลาย และนกอพยพเข้ามาในช่วงฤดูหนาว เช่น นกเดินดงสีน้ำตาลแดง นกเดินดงอกเทา และนกเดินดงสีคล้ำ เป็นต้น ส่วนสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมจะพบเห็นตัวได้ค่อนข้างยาก ส่วนมากจะพบเพียงรอยเท้า และร่องรอยการหากิน เช่น เสือไฟ หมาไม้ หมีควาย เก้ง หมูป่า กระต่ายป่า เพียงพอนเส้นหลังขาว และสัตว์ที่มีรายงานการพบใหม่ในประเทศไทยครั้งแรกบริเวณพื้นที่ดอยผ้าห่มปก คือ เพียงพอนยุโรป (Least Weasel) ผีเสื้อ และแมลงเป็นสัตว์ป่าที่พบได้บ่อยในพื้นที่เนื่องจากมีความหลากหลายสูง อีกทั้งสามารถพบเห็นผีเสื้อหายากบางชนิดอีกด้วย ผีเสื้อไกเซอร์อิมพีเรียล ผีเสื้อถุงทองธรรมดา ผีเสื้อถุงทองป่าสูง และแมลงชนิดต่างๆ เช่น ด้วงคีมยีราฟ กว่างซาง ด้วงคางคกผา เป็นต้น สัตว์เลื้อยคลาน ที่สามารถพบเห็นได้ทั่วไป เช่น กิ้งก่าชนิดต่างๆ งูชนิดต่างๆ และเต่า เช่น เต่าปูลู เต่าหก เป็นต้น สัตว์สะเทินน้ำสะเทินบกที่พบ เช่น อึ่งอ่างบ้าน กบหนอง อึ่งแม่หนาว อึ่งกรายห้วยเล็ก ปาดตีนเหลืองเหนือ และกระท่าง เป็นต้น

ห้วยแม่ใจ   เป็นลำห้วยที่มีน้ำไหลมากตลอดปี น้ำใสสะอาด เหมาะสำหรับเป็นที่พักผ่อนหย่อนใจอยู่ห่างจากบ่อน้ำร้อนประมาณ 300 เมตร

ถ้ำห้วยบอน   เป็นถ้ำขนาดใหญ่ มีหินงอกหินย้อยที่สวยงามมาก มีความลึกจากปากถ้ำหนึ่งถึงอีกปากถ้ำหนึ่งประมาณ 324 เมตร กว้างประมาณ 20-30 เมตร ภายในถ้ำไม่มีจุดอันตรายต่อผู้เข้าชม ประมาณกลางถ้ำจะพบโถงถ้ำใหญ่ซึ่งจุคนได้ประมาณ 40-50 คน สภาพถ้ำเต็มไปด้วยเสาหินและหินงอกหินย้อยขนาดต่างๆ และบริเวณใกล้เคียงมีถ้ำเล็กถ้ำน้อยประมาณ 10 ถ้ำ อยู่ห่างจากอำเภอฝางประมาณ 12 กิโลเมตร สามารถเดินทางโดยทางเท้าจากบ่อน้ำร้อนระยะทางประมาณ 4 กิโลเมตร

น้ำตกห้วยเฮี้ยน   อยู่ทางตอนเหนือของลำห้วยเฮี้ยน ห่างจากถ้ำห้วยบอน ประมาณ 3 กิโลเมตร เป็นน้ำตกใหญ่มีประมาณ 3 ชั้น ชั้นที่สวยงามที่สุดมีความสูงกว่า 15 เมตร มีน้ำไหลตลอดปี

น้ำตกนามะอื้น   อยู่บริเวณกลางป่าทึบในตำบลแม่สาว อำเภอแม่อาย เป็นน้ำตกขนาดใหญ่มีทั้งหมด 3 ชั้นใหญ่ๆ มีน้ำไหลตลอดปี

ดอยผ้าห่มปก   เป็นดอยที่สูงอันดับ 2 ของประเทศไทย ด้วยความสูงประมาณ 2,285 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง บนยอดดอยสูงสุดเป็นทุ่งโล่งอันเกิดจากสภาพธรณีวิทยาที่มีชั้นดินตื้น ชั้นหินเป็นหินแกรนิต ประกอบกับอากาศมีลมกรรโชกแรงตลอดทั้งปี จากยอดดอยจะเห็นทิวทัศน์ที่สวยงาม เช่น ทะเลหมอก และถนนบนสันเขา ขนานกับชายแดนไทย-พม่า ซึ่งถือเป็นถนนที่สร้างขึ้นเพื่อความมั่นคงระหว่างประเทศ ส่วนสภาพป่าเป็นป่าต้นน้ำ ป่าดิบเขา ซึ่งมีสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติที่สมดุลและหลากหลายทางชีวภาพ ดังเช่นจะพบพันธุ์พืช สัตว์ป่าหายากและที่น่าสนใจนานาชนิด อาทิ เทียนหาง บัวทอง ผีเสื้อไกเซอร์อิมพิเรียล ผีเสื้อมรกตผ้าห่มปก ผีเสื้อหางติ่งแววเลือน ผีเสื้อหางดาบตาลไหม้ นกปรอดหัวโขนก้นเหลือง และนกปีกแพรสีม่วง เป็นต้น ในฤดูหนาวมีนกอพยพมาอาศัย เช่น นกเดินดงคอแดง นกเดินดงดำปีกเทา นกเดินดงสีน้ำตาลแดง ฯลฯ เส้นทางขึ้นดอยผ้าห่มปกมี 3 เส้นทาง ได้แก่ ทางกิ่วลม ทางปางมงคล และทางหน่วยจัดการต้นน้ำแม่สาว ผู้สนใจต้องติดต่อเจ้าหน้าที่นำทางที่ที่ทำการอุทยานแห่งชาติ

น้ำตกตาดหมอก   ตั้งอยู่ห่างจาก อำเภอแม่อายประมาณ 4 กิโลเมตร อยู่ติดกับถนนลาดยาง ลักษณะที่น้ำตกลงมาเหมือนใยแก้ว ละอองน้ำกระจายอยู่ทั่วแผ่นผาคล้ายหมอก มีน้ำไหลตลอดทั้งปี

โป่งน้ำร้อนฝาง   เป็นบ่อน้ำร้อนธรรมชาติเกิดจากความร้อนใต้ดิน มีไอร้อนคุกรุ่นอยู่ตลอดเวลา อุณหภูมิของน้ำประมาณ 40-88 องศาเซสเซียล มีจำนวนมากมายหลายบ่อในพื้นที่ประมาณ 10 ไร่ (บ่อใหญ่มีไอน้ำร้อนพุ่งขึ้นสูงถึง 40-50 เมตร) อุทยานแห่งชาติได้จัดบริการห้องอาบน้ำแร่และอบไอน้ำ บ่อน้ำร้อนจะอยู่ก่อนถึงที่ทำการอุทยานแห่งชาติเล็กน้อย และทางอุทยานแห่งชาติได้จัดให้มีเส้นทางศึกษาธรรมชาติขึ้นเขาผ่าป่าเบญจพรรณมาถึงบ่อน้ำร้อน ระยะทางประมาณ 1.2 กิโลเมตร

น้ำตกโป่งน้ำดัง   เป็นน้ำตกหินปูนขนาดเล็กที่สวยงามมีการไหลของน้ำที่สม่ำเสมอ ชั้นบนสุดมีความสูงกว่า 10 เมตร บริเวณน้ำตกมีถ้ำขนาดเล็กๆ พอให้คนเข้าไปนั่งเล่นได้ 3-4 คน เพดานถ้ำมีน้ำหยดตลอดเวลาและเกิดเป็นหินงอกเล็กๆ ไปทั่ว ตั้งอยู่บริเวณเดียวกับหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ มฝ.3 (น้ำตกโป่งน้ำดัง) บ้านแม่สูนน้อย ตำบลแม่สูน อำเภอฝาง ต้องเดินตามเส้นทางเดินป่าไปสู่น้ำตก ระยะทางไป-กลับ ประมาณ 1.5 กิโลเมตร ระหว่างทางผ่านป่าดิบแล้งที่ร่มครึ้มด้วยไม้ใหญ่ บางช่วงต้องเดินข้ามลำธารที่มีน้ำใสไหลเย็น